Изучение эффективности панели отечественных ПИР тест-систем для выявления наиболее значимых бактериальных возбудителей ОКИ в Нижегородском регионе

С 2003 г. ФГУН ЦНИИЭ Роспотребнадзора был начат выпуск экспериментальных ПЦР тест-системы для детекции бактерий рода Campylobacter и Y.enterocolytica. Появление этих диагностикумов сделало возможным проведение комплексного ПЦР-исследования клинического материала одновременно на четыре наиболее значимых и распространенных бактериальных возбудителя ОКИ - бактерии родов Salmonella, Shigella, Campylobacter и Y.enterocolitica. Подобные исследования представляют значительный практический и научный интерес. В Российской Федерации в настоящее время по официальной информации Роспотребнадзора 80% диарейных заболеваний остаются этиологически нерасшифрованными. Использование современных ДНК-технологий позволит повысить эффективность этиологической диагностики ОКИ.

По данным отечественной литературы сальмонеллезы и шигеллезы занимают ведущее место в структуре бактериальных кишечных инфекций в России [65]. Информация о кампилобактериозах и иерсиниозах практически
отсутствует, что обусловлено недостаточностью лабораторной диагностики этих заболеваний. Это связано как с объективными причинами (с уменьшением финансирования диагностических исследований), так и с проблемами методического характера. Поскольку бактерии рода Campylobacter являются труднонокультивируемыми микроорганизмами, выявление их бактериологическим методом - процедура сложная, трудоемкая и дорогостоящая.

S.4

Нами были исследованы 153 пробы фекалий от детей больных ОКЗ в возрасте от 3 мес. до 14 лет - пациентов Деской клинической инфекционной больницы №8 Нижнего Новгорода. Все пробы параллельно и одновременно исследовались бактериологическим методом и ПЦР с применением экспериментальных тест-систем для выявления бактерий родов Shigella, Salmonella, Campylobacter и Yersinia enterocolytica. Микробиологический анализ проб осуществляли специалисты бактериологической лаборатории инфекционной больницы №8. К сожалению, в этой лаборатории имелась возможность определять только бактерии родов Shigella и Salmonella. Результаты исследования представлены на рисунках 9 и 10

■ Возбудитель не выявлен

■ Shigella

■ Salmonella

■ Campylobacter

■ Yersinia

Рис. 9. Выявление бактериальных возбудителей ОКИ методом ПЦР у детей (данные в %)

■ Возбудитель не выявлен

■ Shigella

■ Salmonella

Рис. 10. Выявление бактериальных возбудителей ОКИ бактериологическим методом у детей (данные в %).

Методом ПЦР инфекционные агенты были обнаружены в 57 образцах клинического материала, что составило 37,3±3,9% от общего количества проанализированных проб. Случаев инфицирования несколькими инфекционными агентами не отмечалось. Наиболее часто выявлялись бактерии родов Salmonella и Shigella: в 45 (29,4±3,7%) и в 7 (4,5±1,7%) случаев соответственно. Бактерии рода Campylobacter были выявлены в 3-х пробах (1,9±1,1%), Yersinia enterocolitica в 2-х пробах (1,3±0,9%)

1.3%

При микробиологическом исследовании этиологический фактор ОКИ был установлен у 24 пациентов, что составило 15,7±2,9%. В 22 пробах (14,4±2,8%) были выявлены сальмонеллы; в 2 (1,3±0,9%) - шигеллы. Эффективность ПЦР-детекции сальмонелл была в 2 раза выше, чем бактериологического анализа, для шигелл этот показатель был выше - 3,5 раза. За счет обнаружения Campylobacter и Yersinia enterocolitica методом ПЦР количество ОКИ с установленным этиологическим агентом увеличилось на 3,2%. Во всех образцах, давших положительный результат в бактериологическом анализе, с помощью ПЦР также был выявлен аналогичный инфекционный агент.

12,1%

Использование ПЦР позволило повысить эффективность этиологической расшифровки ОКИ на 21,6 % (с 15,7±2,9% до 37,3±3,9%). Показано, что выявление этиологического агента ОКИ методом ПНР в 2,4 раза статистически достоверно выше, чем бактериологическим методом (г =

4,44)

Аналогичные исследования проведены на базе Клинической инфекционной больницы № 9 Нижнего Новгорода. Были исследованы 58 образцов фекалий от взрослых пациентов с клиническим диагнозом «ОКЗ». Методом ПЦР выявлялись 4 инфекционных агента, в бактериологическом исследовании - только бактерии родов Salmonella и Shigella. Результы представлены на рисунках 11 и 12. Методом ПЦР инфекционные агенты выявлены у 27 человек (48,3±6,6%), сальмонеллы - у 17 (29,3±6,0%), шигеллы - у 7(12,1±4,3%), кампилобактер у 4 (6,9±3,3%), иерсинии - у 2 (3,4±2,3%). У двух пациентов обнаружены ассоциации возбудителей: кампилобактер-иерсиния и шигелла-сальмонелла-кампилобактер. Такие варианты бактериальных ассоциаций крайне редки.

■ Возбудитель не выявлен

■ Shigella

■ Salmonella

■ Campylobacter

■ Yersinia

Рис. 11. Выявление бактериальных возбудителей ОКИ методом ПЦР у взрослых (данные в %)

■ Возбудитель не выявлен

■ Shigella

■ Salmonella

Рис. 12. Выявление бактериальных возбудителей ОКИ у взрослых бактериологическим методом (данные в %)

При бактериологическом исследовании положительные результаты получены в 11 случаях (19,0±5,2%). Сальмонеллы выделены от 9 человек (15,5±4,8%), шигеллы - от 2 (3,4±2,3%). Ассоциации не обнаружены. Эффективность выявления этиологических агентов методом ПЦР была в 2,5 раза достоверно выше, чем бактерологическим методом (1 = 3,48). Шигеллы ПЦР выявлялись в 3,5 раза чаще; сальмонеллы - в 1,9 раза чаще, по сравнению с бактериологическим методом.

Частота выявления бактериальных возбудителей ОКИ у взрослых больных оказалась выше, чем у детей (48,3±6,6% и 37,3±3,9% соответственно). Как правило, взрослые болеют бактериальными ОКИ реже, чем дети. Очевидно, высокая частота выявления инфекционных агентов, наличие ассоциаций возбудителей ОКИ в группе взрослых больных объясняется особенностями обследованного контингента. Существенную часть его составили лица без определенного места жительства и социально неадаптированные люди.

3,4%

Проведенные исследования свидетельствуют о существенном превосходстве комплексной ПЦР-детекции бактериальных возбудителей ОКИ по сравнению с микробиологическим методом по основному
показателю - эффективности выявления возбудителей ОКИ (в 2,4 раза - в группе детей, в 2,5 — в группе взрослых).

Кроме этого, комплексная ПЦР-детекция бактерий родов Salmonella, Shigella, Campylobacter и Y.enterocolitica технологичнее бактериологического анализа. Все четыре ГПДР тест-системы разработаны во ФГУН ЦНИИЭ Роспотребнадзора, что позволило проводить исследования в стандартных условиях: использовать единый метод обработки проб, общую схему приготовления рабочей реакционной смеси и постановки ПНР, и только две программы амплификации. За счет этого сокращена продолжительность исследования, упрощены манипуляции при проведении анализа и снижена его себестоимость.

Бактериологический анализ на бактерии родов Salmonella, Shigella, Campylobacter и Y.enterocolitica существенно сложнее и продолжительнее ПЦР. Унифицировать и стандартизировать условия проведения бактериологического анализа невозможно, поскольку только при работе с шигеллами и сальмонеллами используется сходный набор питательных сред. Условия культивирования и питательные потребности кампилобактеров и йерсиний существенно отличаются друг от друга и от аналогичных параметров шигелл и сальмонелл.

В настоящее время стоимость комплексного ПЦР-исследования одновременно на 4 инфекционных агента (Shigella, Salmonella, Campylobacter, Y.enterocolitica) на 15% ниже стоимости бактериологического исследования на Shigella и Salmonella.

Все это свидетельствует о перспективности использования комплексного ПЦР-исследования при проведении первичной индикации бактериальных возбудителей ОКИ. Метод ПЦР целесообразно использовать как при скрининговых обследованиях большого количества больных и контактных лиц, при групповой и вспышечной заболеваемости ОКИ, так и в клинической практике при исследованиях клинического материала от

одиночных пациентов, поступающих в инфекционные стационары при спорадической заболеваемости.

Дата добавления: 2015-07-20