Главное меню окна структура

Поиска с Entrez литературы

База структур интегрирована в Entrez, так что поиск литературы может привести к структуре сводок MMDB. Простейший случай является использование Entrez поисковика структуры по ключевым словам, авторам и т.д. Например, пойти в Entrez (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gquery/) выберите «Structure» в выпадающем меню "Поиск":

Затем введите "sulfhemoglobin" в поле ввода и нажмите "Go", чтобы начать поиск. В этом случае результат неоднозначный, но в нашем случае первая ссылка и есть нашим искомым.

На этой странице выберите опцию "View in Cn3D", после чего загрузится файл нашего гемоглобина.

Далее открываю в Cn3D вручную с помощью File: Open. Должны появиться Два окна: главное окно структуры Cn3D, где отображается белок, и окно последовательности (белковая цепь в аминокислотах):

Так как у нашего белка мульти-цепи, то и несколько последовательностей показаны одновременно в окне последовательности.

Из известного PDB идентификатора

Если идентификатор PDB белок уже известно (в нашем случае: 2HBS), то самый простой способ найти структуру непосредственно от MMDB. Просто введите проверочный код, PDB четырех символов в поле ввода, и нажмите "Go".

Просмотр отдельных структур в Cn3D

3.1 Основы управления Cn3D

Этот раздел содержит обзор основных элементов управления программы, и иллюстрирует методы визуализации различных научных аспектов данных:

- главное меню окна структура

- панель стилей

- некоторые примеры использования пользовательских настроек

- Cn3D последовательность просмотра

Главное меню окна структура

"File" меню управляет вводом данных в Cn3D, и выходом различных типов данных и файлов изображений; это достаточно понятно. В частности, File: Save действие сохраняет структуру наряду с текущим видом, опираясь на настройки и все пользовательские аннотации, так что работа может быть сохранена и восстановлена. File: Export PNG пункт сохраняет содержимое структуры области рисования в PNG формат файла изображения для использования в веб-страницах или публикациях.

View меню содержит пункты, которые определяют, как отображается структура в целом. Вся структура может быть больше или меньше, View: Zoom in и View: Zoom Out, вид возвращается к своему первоначальному размеру и ориентации, как сохранен в файле данных с помощью View: Restore. View: Reset будет размещать всю структуру в окно. Если есть больше чем одна структура рассматривается (например, ВАСТ выравнивание), или, если структура содержит несколько моделей (например, структуры ЯМР), то каждой структуре будет присвоен свой ​​"кадр". Различные View: Frame элементы управления, которые в данный момент отображают рамку. View: Animation обсудим в следующей главе.

Show / Hide меню содержит операции, которые пренадлежат некоторым подструктурам, которые будут показаны или скрыты. Show / Hide: Pick Структуры диалог позволяет вам выбрать, какие отдельные структуры, цепи, и домены включить или выключить. Остальные элементы в Show / Hide меню являются более актуальными для управления вида выравнивания.

Style меню отвичает за форму и цвет различных частей конструкции. Например, display по умолчанию для отдельных структур представляет собой сочетание Style:Rendering Shortcuts:Worms and Style:Coloring Shortcuts:Secondary Structure, которая показывает позвоночник червя, не имея побочных цепей. Цвета зеленый для спиралей, нити оранжевый и катушки синий. Обратите внимание, что стрелки на пряди (и необязательно на цилиндрах спирали) всегда указывают от N к С направлении. Лучший способ узнать, что делают другие различные стили просто -попробовать их!

Cn3D намеренно держит цвет отдельно от стиля рисования. Style:Coloring Shortcuts меню определяет, какие свойства используются для отображения различных частей структуры в разных цветах. Используя эти параметры, можно легко визуализировать NCBI-структуру в области (Domain) или кристаллографические температуры (температуры) в соответствии с данными PDB и т.д. Настройки Style:Rendering Shortcuts определяют форму различных частей структуры.

Панель стиль

Панель стиль (Style:Edit Global Style) содержит подробные элементы управления для всех стилей рисования, цветов и этикеток, тут содержится большая часть гибкости Cn3D. На самом деле, все варианты в Style:Rendering Shortcuts и Style:Coloring Shortcuts меню просто удобные ярлыки для различных комбинаций опций в панели стилей.

Панель стиля автора Settings вкладка имеет четыре колонки настройки для различных элементов структуры выявленных слева; Эти настройки применяются по всему миру для всех структур. "On / Off" элементы управления отображаются ли элементы (а также, какой тип магистралей используют), "Rendering" контролирует геометрию, используемую для визуализации элементов, и "Color Scheme" управляет элементами цвета. Большинство из них может быть установленj независимо, с тем исключением, что worms стиль может быть использован только для виртуальных магистралей. Правый столбец "User Color" может быть использован для установки цвета для структурных элементов, когда выбрана "User selection" цветовая схема. Общий цвет фона также устанавливается таким образом.

Панель стиля автора Label вкладка контролирует маркировку магистралей, цепи концов, и ионов. (Фактические шрифты, используемые устанавливаются из файла: Набора Шрифтов)

Панель стиля автора Details вкладка позволяет контроль конкретных геометрических свойств рендеринга. Например, Details: Radius Worm трубка контролирует, толстоту позвоночника червя.

Style: Annotate панель обсуждается отдельно в главе об анотации, но если кратко, то она позволяет устанавливать различные стили и маркировку для конкретных выбранных пользователем остатков, чтобы отделить их от остальной структуры.

Наконец, File: Preferences:Quality вкладка управляет «качеством» показа OpenGL. Все, казалось бы, гладкие и округлые объекты в OpenGL построены из многих малых плоских многоугольников. Элементы управления на этой панели определяют, как хорошо используется сетка мелких полигонов для построения более крупных объектов. Всплывающее меню предоставляет детальные настройки, в то время как три кнопки справа являются удобством для настройки меню с заданными настройками. Существует компромисс между кажущейся гладкостью объектов и скорости, с которой они были загружены: все больше и меньшие полигоны дать объекту приятнее округлый вид, но займет больше времени, чтобы рисовать. Таким образом, на старом компьютере, более низкие настройки качества могут быть необходимы для Cn3D чтобы он мог реагировать достаточно быстро. И наоборот, на быстром компьютере, или для сохранения красивых изображений как изображение PNG, где скорость не является проблемой, установка высокого качества может быть предпочтительнее.

Дата добавления: 2015-10-28