Образец

Образцы, исследуемые в этой лаборатории были взяты из тканей и жидкостей, экстрактированных из увеличений лимфатических узлов пациентов, жалующихся на жар, усталость и увеличение ЛУ. Образцы были химически исследованы и посеяны на агаровую среду. Через несколько недель чашки Петри, в которых содержались четко различимые колонии бактерий были отправлены в лабораторию для идентификации специфических типов бактерий в пробе ПЦР и анализа ДНК очередности.

Эти страницы помогут Вам понять термины, оборудование и бактерии, которые встречаются в этой виртуальной лаборатории, чтобы найти:

1 – глоссарий

2 – Список инструментов лаборатории

3 – энциклопедия бактерий и других патогенов

16S рРНК, рибосомы -– это органеллы клеток, которые являются органами синтезирующими белки. Они включают в себя различные молекулы белка, которые ассоциируются с РНК молекулами (известные как рибосомальные РНК или рРНК). 16S рРНК один из трех РНК молекул, которая ассоциируется с рибосомами прокариот. 16S обозначает их размер.

Аденин, Цитозин, Гуанин, Тимин -нитроген содержащие основы, являющиеся частью нуклеотидов ДНК, они часто обозначаются буквами А, Ц, Г, Т. Последовательность этих основ в молекуле ДНК составляет ДНК код. Из-за структуры основы Аденин может образовывать две гидрогенные связи с Тимином, в то время как цитозин – три гидрогенные связи с Гуанином. А-Т и Ц-Г пары определяются дополнительно и наличие основ фундаментальнв для саморепликации ДНК.

Отжиг, расплавление, растаскивание - э то три основных действия при проведении ПЦР. В контексте ПЦР отжиг относится к холодной фазе, которая продолжает фазу плавления, в течении фазы плавления двойная цепочка ДНК расщепляется. Во время отжига единичная цепь ДНК, которая комплиментарна, ведет к образованию новых пар ДНК (этот процесс называется гибридизация). В течение ПЦР вместо двух цепочек изначально идущих вместе первая молекула, которая представлена в более высокой концентрации чем ДНК соединяется с одинокой цепочкой ДНК, а во время фазы растаскивания ДНК-полимераза растягивает третью от первой, создавая копию ДНК.

BLAST (Основная локальная база данных исследования) - это набор инструментов для сравнения информации о последовательности ДНК или белков с использованием всех доступных последовательностей имеющихся в базе данных.

Она разработана для того, чтобы найти пару в информации о последовательности с помощью поиска уникальных пар маленьких порций ДНК или белка, без использования большего количества материала. Эту информационную базу можно найти в национальной медицинской библиотеке.

ДНК-полимераза – это фермент, который точно копирует ДНК последовательность, с помощью полимеризации нуклеотидов, с целью образования ДНК, дополнительного для последовательности. Различные ДНК полимеразы отвечают за репликацию и образование новых пар ДНК. Полимеразы растягивают цепочку с помощью добавления нуклеотидов к третьему концу растущего ДНК.

ДНК и РНК - клеточные кислоты. ДНК состоит из двойных цепочек нуклеотидов. РНК обычно состоит из одной цепочки. ДНК/РНК полимезированные цепочки нуклеотидов. Полимеризация нуклеотидной цепочки происходит с помощью присоединения гидроксогруппы третьей карбоновой группе сахарозы к фосфату соседнего нуклеотида, таким образом на одном конце цепочки находится неприсоединенный гидрооксил или фосфат групп пятой карбоновой (5 – конец цепочки); на другом конце находится несоединенная группа третьей карбоновой (3 – конец цепочки).

Ген -сегмент ДНК, который кодирует функциональный продукт. Под функциональным продуктом понимается либо полипептид, либо РНК молекула. В более широком понимании ген может быть определен как единица наследственности которая передает информацию из одного поколения другому. В этом понимании ген также может включать сегменты ДНК, которые не содержат никакого кода, а скорее имеют специфические последовательности для построения других регулирующих молекул.

Нуклеотиды – составные компоненты ДНК и РНК. Каждый нуклеотид состоит из трех частей: нитрогенсодержащая база, 5-карбон сахарид и фосфатная группа. Основами являются аденин, цитозин, гуанин, тимин (ДНК) или Урацил (РНК).

ПЦР - п олимеразноцепная реакция. Метод для создания большого количества копий уникальных частей ДНК. Использует версию ДНК полимераз, которые могут функционировать при высоких температурах вместе с автоматизированным прибором, который контролирует температуру – термостатом. Более подробно это описано в секции ПЦР нашей лаборатории.

Праймеры Олигонуклеотиды, которые были разработаны и произведены для соединения с уникальной часть известного сегмента ДНК. ДНК-полимераз могут растягивать олигонуклеотиды и дублировать ДНК. Процесс позволяет дублировать уникальные сегменты ДНК, например при связывании в ПЦР.

Supernatant - п лавающая в пространстве или относящаяся к чистой жидкости поверх осадка. В этой лаборатории используется для описания слоя жидкости, который находится сверху центрифугированной материального вещества.

Термостат - в рибор с инкубатором, хорошо удерживающим температуру, который может быть запрограммирован на очень быстрое и точное изменение температуры с повторением циклов. Инкубатор это металлический блок, в котором находится специальная форма для пробирок.

Автоматический ДНК секвенсер – а втоматические ДНК-секвенсеры в основном представляют собой прибор для гелевого электрофореза сочетающегося с флуоресцентным детектором. Раньше модели использовали плоские традиционные гели с образцами повторяющимися на четырех дорожках. Таким образом каждая дорожк могла быть использована для определения одного уникального флуорисцентного показателя в соответствии с одим уникальным нуклеотидом. Более современны машины могли считывать все четыре нуклеотида одновременно. Модель которую использовали мы в лаборатории более совершенна. Она использовала клеточную трубу вместо плоского геля для электрофорезного движения; таким образом количество требуемых образцов гораздо меньше.

Буферный раствор - г отовый, доступный реактив. Это генерализированный буферный раствор протеолитических энзимов разработанный для лизиса стенок бактериальных клеток и растворения состава клетки в жидкости. Другие протеины также перевариваются.

Микроконцентраторная колонна - э то маленький инструмент в основном действует как искусственный микрофильтер. Микроконцентратор разделяет макромоллекулы основываясь на размере. Модель используемая в этой лаборатории сохраняет длину молекулы ДНК, в то время более мелкие молекулы, такие как нуклеотиды, праймеры и ДНК-полимеразы проходят сквозь фильтр. Отфильтрованые молекулы ДНК могут быть освобождены с помощью центрифуги в нижней части колонны.

ПЦР машина (амплификатор) - а втоматическая ПЦР-машина стала более совершенной, легкой в использовании и широко доступной. Очевидно, что именно он привел к такому резкому развитию генетики в последние годы. Предписанное стандартом оборудование может дать отличные результаты (как было сделано в лаборатории), но исследователь может всегда изменить настройки (номер, температуру, продолжительность цикла и т.д.) в случае необходимости.

ПЦР смешиватель - к олба для смешивания, которая содержит все необходимое для реакции репликации цепочки полимеразы до 16S РНК гена. Включает воду, буферная смесь для поддержания правильной рН среды для ПЦР реакции, большое количество нуклеотидов (Аденина, цитонина, гуанина и тианина), большое количество олигонуклеидов ДНК праймеров, которые расщепляют 16S рДНК необходимое для начала процесса репликации и термостабильную ДНК- полимеразу, которая растягивает копию цепоцки ДНК.

Пробирки Эпендорфа (микропробирки) - это удобно соединенные и цветозакодированные микроцентрифужные пробирки. Каждая пробирка разработана для содержания различных праймеров, а цвета соответствуют пямым или обратным направлениям репликации. (подробнее в IV разделе).

Пипетка - с тандартная микропипетка, широкоиспользуется в современных биологических лабораториях.

HELP

Дата добавления: 2015-08-26