Эффективность расщепления коротких последовательностей ДНК некоторыми распространенными рестриктазами

Рестриктаза	Последовательность олигонуклеотидов в окрестностях сайта рестрикции	Длина цепи, нт	Процент расщепления олигонуклеотида после инкубации в течение
2 ч	20 ч
BamH I	C GGATCC G CG GGATCC CG CGC GGATCC CGC		>90 >90	>90 >90
Bgl II	C AGATCT G GA AGATCT TC GGA AGATCT TCC			>90 >90
Cla I	C ATCGAT T G ATCGAT C CC ATCGAT GG CCC ATCGAT GGG		>90	>90
EcoR I	G GAATTC C CG GAATTC CG CCG GAATTC CGG		>90 >90 >90	>90 >90 >90
Hind III	C AAGCTT G CC AAGCTT GG CCC AAGCTT GGG
Nhe I	G GCTAGC C CG GCTAGC CG CTA GCTAGC TAG
Pst I	G CTGCAG C TGCA CTGCAG TGCA

Таблица II.1 (окончание)

Рестриктаза	Последовательность олигонуклеотидов в окрестностях сайта рестрикции	Длина цепи, нт	Процент расщепления олигонуклеотида после инкубации в течение
2 ч	20 ч
Pvu I	C CGATCG G AT CGATCG AT TCG CGATCG CGA
Sac I	C GAGCTC G
Sac II	G CCGCGG C TCC CCGCGG GGA			>90
Sma I	CCCGGG C CCCGGG G CC CCCGGG GG TCC CCCGGG GGA			>90
Spe I	G ACTAGT C GG ACTAGT CC CGG ACTAGT CCG CTAG ACTAGT CTAG			>90 >90
Sph I	G GCATGC C CAT GCATGC ATG ACAT GCATGC ATGT
Xba I	C TCTAGA G GC TCTAGA GC TGC TCTAGA GCA CTAG TCTAGA CTAG		>90	>90 >90 >90
Xho I	C CTCGAG G CC CTCGAG GG CCG CTCGAG CGG
Примечание. Курсивом выделены последовательности сайтов рестрикции.

ДНК-метилазы. Большинство штаммов E. coli содержит два типа ферментов, метилирующих ДНК: dam- и dcm-метилазы. Первая осуществляет перенос метильных групп в N-положение аденина в последовательности GATC. В таком случае многие рестриктазы (например Bcl I, Mbo I или Cla I), в состав сайтов рестрикции которых входит данная метилированная последовательность, перестают расщеплять ДНК по этим сайтам. Аналогичное действие на некоторые рестриктазы, например EcoR II, оказывает и dcm-метилаза, осуществляющая метилирование остатков цитозина по положению С5 в последовательностях C^MeCAGG и C^MeCTGG. Для того чтобы избежать нежелательного влияния этих метилаз на клонируемые ДНК, в качестве хозяев используют мутантные штаммы E. coli: dam^- и dcm^-. ДНК-метилазы бактериальных систем рестрикции и модификации применяют для блокирования in vitro соответствующих сайтов рестрикции на исследуемых фрагментах ДНК с целью получения под действием гомологичных рестриктаз фрагментов больших размеров.

Дата добавления: 2015-08-18