Студопедия
Случайная страница | ТОМ-1 | ТОМ-2 | ТОМ-3
АрхитектураБиологияГеографияДругоеИностранные языки
ИнформатикаИсторияКультураЛитератураМатематика
МедицинаМеханикаОбразованиеОхрана трудаПедагогика
ПолитикаПравоПрограммированиеПсихологияРелигия
СоциологияСпортСтроительствоФизикаФилософия
ФинансыХимияЭкологияЭкономикаЭлектроника

Вирівнювання та філогенетичні дерева

Стабільність білка і фолдинг | Дивергенція функцій: ортологи та паралоги | Біоінформатика в пошуку та розробці ліків | Приклади застосування біоінформатики в розробці ліків | ДНК мікроареї | Масс спектрометрія | Системна біологія | Структура регуляторних мереж |


Читайте также:
  1. Алгоритм покрывающего дерева.
  2. Застосування множинного вирівнювання послідовностей
  3. Крыша этого склепа мне не нравится, — сказал Меченый, кивком головы указывая на огромное заводское здание, возвышавшееся метрах в пятистах от дерева.
  4. Одначе перейдемо від сухих дефініцій до зеленого дерева практичних настанов.
  5. Построение дерева целей
  6. Представление любого дерева, леса бинарными деревьями.

Маючи дві чи більше послідовностей дослідник бажає:

· визначити їх спорідненість;

· визначити відповідність залишків (мономерів);

· встановити консервативні і варіабельні ділянки;

· встановити еволюційні взаємозв’язки.

Зрозуміло, що вирішити ці завдання на сьогодні можливо з використанням інформації, яка зберігається у базах даних. У значній мірі саме для вирішення завдань такого характеру і власне створювалися бази даних.

Для визначення міри спорідненості послідовностей нуклеотидів чи амінокислот встановлюють відповідність цих мономерів в двох і більше ланцюгах. Цей процес отримав назву вирівнювання послідовностей – встановлення відповідності залишків у ланцюгах, що є основним засобом біоінформатики.

Найпростіший випадок вирівнювання може бути представлений у вигляді:

· маючи дві послідовності:

перший ланцюг а б в г д е
другий ланцюг а в г д е є

· вирівнювання матиме вигляд:

перший ланцюг а б в г д е –
другий ланцюг а – в г д е є

Для проведення вирівнювань використовують алгоритм, який дозволяє стверджувати, що проведене вирівнювання найкраще репрезентує ступінь спорідненості послідовностей. Наприклад, можливі різні варіанти вирівнювання послідовностей gctgaacg та ctataatc:

· беззмістовне вирівнювання:

– – – – – – – g c t g a a c g
c t a t a a t c – – – – – – –

· вирівнювання без проміжків:

g c t g a a c g
c t a t a a t c

· вирівнювання з проміжками:

g c t g a – a – – c g
– – c t – a t a a t c

· інше:

g c t g – a a – c g
– c t a t a a t c –

Більшість сприйме останнє вирівнювання як найбільш вдале з усіх чотирьох. Для того, щоб вирішити чи вирівнювання є найкращим, необхідно систематично оцінити вирівнювання. Необхідно також створити критерії та кількісну оцінку чи рахунок (score), які відображали б якість кожного з вирівнювань, і на основі рейтинга визначити найкраще вирівнювання. Найкраще вирівнювання не завжди може бути унікальним: різні вирівнювання можуть давати однаковий рейтинг.

Подані приклади ілюструють парне вирівнювання, хоча здебільшого ми маємо справу з великими родинами подібних послідовностей, визначаючи гомологи у різних видах. Вирівнювання більше ніж двох послідовностей називається множинним вирівнюванням послідовностей. Множинне вирівнювання більш інформативне ніж парне, оскільки дозволяє встановити консервативні патерни (мотиви).

Класичним прикладом практичного застосуваня принципу вирівнювання послідовностей є встановлення спорідненості послідовностей промоторів різних організмів:


Дата добавления: 2015-11-16; просмотров: 53 | Нарушение авторских прав


<== предыдущая страница | следующая страница ==>
Вступ до біоінформатики| Застосування множинного вирівнювання послідовностей

mybiblioteka.su - 2015-2024 год. (0.005 сек.)