Студопедия
Случайная страница | ТОМ-1 | ТОМ-2 | ТОМ-3
АрхитектураБиологияГеографияДругоеИностранные языки
ИнформатикаИсторияКультураЛитератураМатематика
МедицинаМеханикаОбразованиеОхрана трудаПедагогика
ПолитикаПравоПрограммированиеПсихологияРелигия
СоциологияСпортСтроительствоФизикаФилософия
ФинансыХимияЭкологияЭкономикаЭлектроника

Контрольна робота з структурної біоінформатики



КОНТРОЛЬНА РОБОТА З СТРУКТУРНОЇ БІОІНФОРМАТИКИ

Модуль №3 В-1

Студента кафедри...…………………………ПІБ...………......……………………………......

Рівень 1. (1питання-0,5б*20 запитань = 10бали)

 

1. Що таке Gromacs?

А. Пакет для проведення молекулярної динаміки;

Б. Пакет для виконання докінгу;

В. Пакет для створення хімічних структур;

Г. Пакет для математичних обчислень.

 

2. Що таке інтегратор?

А. Команда, що забезпечує інтегрування в часі;

Б. Графічне меню Gromacs;

В. Параметр, що визначає алгоритм динаміки;

Г. Виконуючий файл у системі Linux.

 

3. Стандартні алгоритми мінімізації енергії?

А. steep, cg;

Б; md, pr;

В; dt, Tcoupl;

Г. ps, nm.

 

4. Стандартні одиниці вимірювання часу й відстані в молекулярній динаміці?

А. s, m;

Б. ps, nm;

В. fs, mm;

Г. h, km.

 

5. Що робить команда pdb2gmx?

А. Перетворює координати в топологію, базуючись на силовому полі;

Б. Робить із 2-d молекули 3-d структуру;

В. Створює віртуальний простір;

Г. Запускає динаміку.

 

6. Що робить команда editconf?

А. Змінює конфігурацію системи;

Б. Додає водні до структури;

В. Змінює конформації;

Г. Визначає межі й тип боксу.

 

7. Що робить команда genion?

А. Визначає іонну силу в системі;

Б. Створює заряд системи;

В. Додає іони в систему;

Г. Генерує солі.

 

8. Що робить команда grompp?

А. Визначає параметри майбутньої динаміки;

Б. Створює файл.tpr і показує помилки;

В. Робить умови динаміки стандартними;

Г. Запускає мінімізацію енергії.

 

 

9.Який параметр дозволяє зафіксувати групу атомів?

А. Freeze;

Б. Constraint;

В. COM PULL;

Г. Pcoupl.

 

10. Який формат файлу траєкторії?

А. *.trr;

Б. *.tpr;

В. *.gro;

Г. *.log.

 

11. Яка команда створює файл index.ndx, що містить номера всіх атомів різних речовин системи?

А. create_ndx;

Б. form_ndx;

В. make_ndx;

Г. ndx.ndx.

 

12. Яка команда показує средньоквадратичне відхилення значення відстані для групи атомів?

А. g_dist;

Б. g_covar;

В. do_dssp;

Г. g_rms.

 

13. Що означає абревіатура mdp?

А. Файл, що містить записи всіх подій динаміки;

Б. Methylene-dio-xypyrovalerone;

В. Параметри молекулярної динаміки;

Г. Молекулярна динаміка білка.

 

14. Що означає параметр emtol?

А. Зупинка мінімізації при досягненні зазначеного значення енергії;

Б. Збільшення напруги між атомами дигідралу;

В. Енергія даної конформації;

Г. Загальне значення енергії системи.

 

15. Що таке rlist?

А. Список радіусів;

Б. Максимальна відстань для пошуку сусідніх атомів (взаємодія з ними);

В. Один із флагів команд;



Г. Відсічки необхідні для прискорення обчислень на різних типах кластерів.

 

16. Що робить команда genbox?

А. Заповнює віртуальний бокс водою;

Б. Створює межі віртуального боксу;

В. Надає вибір типу води;

Г. Типова команда.

 

17. Що таке rvdw?

А. Визначення площі ван-дер-ваальсових взаємодій;

Б. Функція зсуву заряду в яку-небудь сторону при досягненні певної відстані;

В. Функція, що визначає силу взаємодії між елементами системи;

Г. Максимальний радіус дії потенціалу Леннард-Джонса.

 

18. Що означає -DFLEXIBLE?

А. Рухливі залишки білка;

Б. Рухливі молекули розчинника;

В. Всі елементи системи рухливі;

Г. Всі переміщення атомів обмежені певним чином.

 

19. Що таке fourierspacing?

А. Максимальний проміжок для FFT мережі при використанні PME;

Б. Максимальний проміжок для FFT мережі при використанні EWALD;

В. Інтерполяційний порядок для PME;

Г. Швидка трансформація Фур'є.

 

20. Для якого етапу динаміки можна виключити параметр тиску?

А. Розподіл води;

Б. Вільна динаміка;

В. Для жодного;

Г. Для будь-якого етапу.


Рівень 2. (1питання-1б*10 запитань = 10 балів)

 

1. Що таке GRID-Обчислення?

 

2. Що таке Молекулярна динаміка?

 

3. Яка різниця між параметрами constraint і restraint?

 

 

4. Навіщо потрібний index.ndx і які дії можна зробити маючи такий файл?

 

 

5. Вкажіть послідовність команд при підготовці системи до динаміки:

 

6. Яка інформація говорить про стабілізацію системи?

 

 

7. Яка тривалість динаміки вважається більш-менш достатньою для невеликих об'єктів, драг-дизайну?

 

8. Що таке конформаційнний пошук?

 

9. Від чого, по Вашому, у першу чергу залежить хід динаміки?

 

 

10. Що таке віртуальні сайти?

 

 

КОНТРОЛЬНА РОБОТА З СТРУКТУРНОЇ БІОІНФОРМАТИКИ

Модуль №3 В-2

Студента кафедри...…………………………ПІБ...………......……………………………......

Рівень 1. (1питання-0,5б*20 запитань = 10бали)

1. Що таке winscp?

А. Антивірусна програма для windows;

Б. ServicePack для windows;

В. Клієнт протоколів SCP для windows;

Г. Версія Linux.

 

2. Що таке putty?

А. Клієнт протоколу SSH;

Б. Термінал доступу;

В. Візуалізатор 3-d структур;

Г. Командний рядок.

 

3. Що таке кластер?

А. Добровільне об'єднання підприємств;

Б. Група генів;

В. Об'єднання комп'ютерів для обчислювальних завдань;

Г. Комп'ютер, що виконує сервісні функції.

 

4. Що таке VMD?

А. Візуалізатор траєкторій;

Б. Візуалізатор і редактор структур;

В. Візуалізатор з функціями аналізу;

Г. Тип відеокарти.

 

5. Що робить команда mdrun?

А. Виконує перевірку системи;

Б. Розраховує час, необхідний для динаміки;

В. Нівелює фізичні закони;

Г. Запускає динаміку.

 

6. Яка команда робить підрахунок кількості всіх водневих зв'язків утворених під час динаміки між декількома групами атомів?

А. g_hbond;

Б. g_lie;

В. g_traj;

Г. g_gyrate.

 

7. Зміни яких параметрів можуть значно зменшити розмір файлу траєкторії?

А. Частота запису значень сили;

Б. Частота запису координат;

В. Частота запису значень енергії;

Г. Частота запису швидкостей атомів.

 

8. Яким чином можна прискорити розрахунок динаміки?

А. Ніяким;

Б. Змінити часовий крок для інтегратора;

В. Збільшити температуру в системі;

Г. Закрити очі й дорахувати до ста.

 

9. Що таке LINCS?

А. Алгоритм лінійного обмеження довжини зв'язків;

Б. Повільний алгоритм, що допускає кутові обмеження;

В. Підпрограма Gromacs;

Г. Графічний візуалізатор взаємодії.

 

10. Що робить команда g_energy?

А. Показує зміну енергії, обраного типу, протягом динаміки;

Б. Показує перехід від одного типу енергії до іншого;

В. Розраховує вільну енергію ліганда в процесі динаміки;

Г. Вираховує різницю між потенційною й кінетичною енергіями.

 

11. Навіщо потрібний файл.tpr?

А. Для запуску динаміки;

Б. Для повного набору файлів;

В. Для вибору параметрів;

Г. Для перевірки системи на наявність помилок.

 

12. Які дані записуються у файл.trr?

А. Координати, швидкості, сили;

Б. Енергія, водневі зв'язки;

В. Температура, тиск, рухливість;

Г. Усе вище перераховане.

 

13. Який процес має місце під час урівноважування системи?

А. Розподіл тиску;

Б. Розподіл температури;

В. Розподіл розчинника;

Г. Мінімізація енергії.

 

14. Навіщо додавати в систему кілька типів іонів?

А. Щоб створити умови іонної сили, що нагадують клітинні;

Б. Щоб утворилася “шуба”;

В. Щоб збільшити проникність розчинника;

Г. Нейтралізувати заряд об'єкта.

 

15. Які показники свідчать про стабільність структури?

А. Енергія й гірація;

Б. Средньоквадратичне відхилення зсуву атомів;

В. Тиск, температура, водневі зв'язки;

Г. Енергія, среднеквадратическое відхилення зсуву атомів, гідрація, тиск.

 

16. Які показники достовірніше свідчать про високу афінність ліганду?

А. Кулонівські взаємодії, внутрішня енергія, водневі зв'язки;

Б. Ван-дер-вальсові взаємодії й водневі зв'язки;

В. Средньоквадратичне відхилення зсуву атомів;

Г. Усе вище перераховане.

 

17. Що таке rcoulomb?

А. Алгоритм для розрахунку електростатичних взаємодій;

Б. Максимальний радіус кулонівських взаємодій;

В. Відстань відсічення для переходу з одного потенціалу на іншій;

Г. Відносна діелектрична константа

 

 

18. Що означає -DPOSRES?

А. Молекули розчинника рухливі, а на об'єкт накладені певні обмеження;

Б. Молекули розчинника й об'єкти зафіксовані відповідно до позиційних обмежень топології;

В. Нічого не відбувається в системі;

Г. Стандартна динаміка.

 

19. Що таке CLI?

А. Абревіатура CONSTRAINT LINCS Itteration;

Б. Абревіатура Command Line Interface;

В. Збій програми;

Г. Абревіатура Critical Linear Integration.

 

20. Який формат містить всю інформацію про траєкторії, але менш громіздкий, ніж *.trr?

А. *.xtc;

Б. *.tpr;

В. *.ndx;

Г. *.gro.


Рівень 2. (1питання-1б*10 запитань = 10 балів)

 

1.Що таке GRID?

 

2. Що таке мінімізація енергії?

 

3. Яку мету переслідує МД?

 

4. Які параметри взаємодій сповільнюють і прискорюють швидкість розрахунків залежно від значення?

 

 

5. Які типи боксів Ви знаєте?

 

6. Яка тривалість динаміки вважається більше менш достатньою для великого об'єкта (весь білок або димер)?

 

 

7. Які об'єкти можна досліджувати за допомогою програмного пакета Gromacs?

 

8. Чим загрожує недостатнє врівноважування системи?

 

 

9. У чому полягають переваги Gromacs перед Amber і навпаки?

 

10. Чи можна вважати структурну біологію й динаміку останньою інстанцією?

 


Дата добавления: 2015-08-28; просмотров: 40 | Нарушение авторских прав




<== предыдущая лекция | следующая лекция ==>
Зинина ТатьянаЭффект Фёдора 38 страница | «Зоореализм несовместим с украинскими законами»

mybiblioteka.su - 2015-2024 год. (0.026 сек.)